Wie alles begann
20 Jahre bevor unser Spiel beginnt gab es ein Ereignis das alles veränderte. Der Landesführer von Amegakure Yutaka Uchida befahl einem Team von Elite Ninjas in Otogakure das alte Versteck von Orochimaru zu finden und alle wichtigen Aufzeichnungen zu entwenden.
Nach monatelanger Suche hatten sie endlich ihr Ziel erreicht. Die Macht von Orochimaru in ihren Händen! Sofort durchsuchten sie das Versteck und fanden einige höchst interessante Aufzeichnungen. Hastig versiegelten sie diese in Schriftrollen und machten sich auf den Weg zurück zu Uchida.
Uchida war sichtlich zufrieden mit dem Ergebnis und belohnte das Team großzügig. Ohne zu zögern leitete er die Aufzeichnungen an die Forschungsabteilung weiter und das Unheil nahm seinen lauf.
Die Experimente
Unter den Aufzeichnungen befand sich auch ein Schriftstück welches erklärt wie man Bluterben und andere Gene übertragen kann. Unverzüglich setzten sich die Forscher daran Genmaterial von Bluterben zu extrahieren und sie in Kinder einzupflanzen. Nach kurzer Zeit hatten die Forscher sehr viel Genmaterial von den unterschiedlichsten Bluterben zusammen. Sie begannen damit an Waisenkindern zu experimentieren, mit mäßigem Erfolg. Doch einer der Forscher pflanzte erfolgreich das Mokuton Bluterbe in seinen Sohn ein und langsam gewann die Forschung immer mehr Erfolge( 16 Jahre vor Spielbeginn). Doch plötzlich verbat der Landesführer diese Experimente.
Eine Untergrundbewegung
Die Forschungsgruppe wollte nicht, dass diese Experimente zu Ende gehen. Wenn sie erfolg hätten würde Amegakure an Macht und Einfluss gewinnen und könnten so vielleicht auch einen Krieg gegen andere Reiche gewinnen. Im Untergrund führten sie ihre Experimente erfolgreich fort. Währendessen sammelten sie Ninjas die sich ihrer Bewegung anschließen um den Landesführer zu stürzen. Doch ihre Bewegung flog auf und sie mussten fliehen!(ca 12 Jahre vor Spielbeginn)
Ein recht großer Trupp von Ninjas, Frauen und Kindern floh in einer Nacht und Nebel Aktion aus Amegakure und viele kamen dabei ums Leben. Doch die Überlebenden suchten sich ein Versteck das so gut wie Unauffindbar ist.
Die Rebellion
Seit 12 Jahren baut die Rebellion eine Armee auf um den derzeitigen Landesführer zu stürzen. In der Zwischenzeit gab es immer wieder kleine Scharmützel und viele andere Dörfer unterstützen eine der Beiden Seiten mit Ninjas die beim Ausbilden helfen oder mit vielen anderen Dingen. Außerdem werben die Rebellen einige Nukenins an um eine Schlagkräftige Truppe gegen Amegakure zu haben.